Questa parrocchia è stata istituita con bolla del 6 gennaio 1940, festa dell'Epifania del Signore, sotto il titolo di San Donato, dall' arcivescovo di Manfredonia, mons. Andrea Cesarano. Essa ha avuto come prima sede, e fino al 24 dicembre 1960, la veramente piccola chiesetta omonima, di circa 67mq con annessa altrettanto piccola sagrestia, sino allora piccola cappellania, senza particolare importanza ne riguardo al culto e ne riguardo alla storia, che non è dato conoscere, tranne la circostanza che nel secolo XIV si trova annoverata tra le chiese esistenti entro la cerchia delle mura cittadine. La parrocchia è sorta come sdoppiamento dell'unica parrocchia di San Leonardo con sede nella Chiesa Matrice. La cura delle anime fu affidata per prima a don Michele De Nittis che resse questa parrocchia per dieci anni fino al 1950, successivamente al reverendo parroco don Michele Di Gioia. Don Michele Di Gioia, nato a San Giovanni Rotondo il 9 marzo 1922, fu ordinato sacerdote il 20 maggio 1945, s'insediò in questa parrocchia il 28 ottobre 1951. La chiesetta di San Donato (sita nel centro storico) era molto piccola e già all’epoca non riusciva a soddisfare i bisogni di una popolazione parrocchiale di circa settemila anime. Per fare fronte a questo disagio furono vagliate alcune opzioni come quella di espandere la chiesa a scapito di alcune abitazioni limitrofe. Questo fantasioso quanto vago progetto fu accantonato (sotto consiglio di padre Pio) e si pensò quindi alla costruzione di una chiesa più grande, dedicata a San Giuseppe Artigiano, in grado di soddisfare le moderne funzioni liturgiche. L'idea di realizzare una chiesa da dedicare a san Giuseppe risale a prima degli anni quaranta e sarebbe dovuta sorgere nell’attuale spazio occupato dall'ufficio postale di San Giovanni Rotondo II suo progetto iniziale prevedeva uno schema gotico-rinascimentale abbozzato dall’arciprete don Giuseppe Prencipe. II 19 ottobre 1952 don Michele Di Gioia ottiene la delibera di concessione gratuita del suolo sito in largo piscine. Ma anche qui le opposizioni non mancano; a quelle amministrative si aggiungono anche quelle dei fedeli ostili all'idea di abbandonare l’angusta chiesetta di San Donato. Trascorsero ancora sei anni durante i quali bisognava convincere i fedeli della necessità della nuova opera e formare un comitato che aiutasse il parroco nel proseguimento dei lavori e spronasse i fedeli ad autotassarsi per fare fronte alle ingenti spesate. Il 1 maggio 1958 avvenne la posa della prima pietra ,illuminata, per cosi dire dall'inattesa presenza di padre Pio che firmò la pergamena ricordo chiusa nelle fondamenta,e furono proprio le difficoltà sorte da quest'ultime che fecero accantonare il primo progetto dell'architetto romano Andrea Costa che dovette quindi modificarlo anche dietro suggerimento della Pontificia Commissione di Arte Sacra. Queste difficoltà prevedevano nuove ingenti spesate che furono superate con gran merito dei fedeli e con l’appoggio morale e spirituale del frate di Pietrelcina. La chiesa fu inaugurata il 12 settembre 1965, con alcune strutture provvisorie, e vi sostò per l’occasione l’icona della Madonna delle Grazie di ritorno al santuario. Nel corso degli anni la chiesa ha subito dei notevoli cambiamenti (pur non alterando la struttura a pianta centrale gravante su dodici punti) soprattutto in quest'ultimo decennio ad opera del reggente parroco. Ricordiamo primo fra tutti lo stupendo mosaico raffigurante la Deesis con Cristo Pantocratore al centro e la Madre di Dio e san Giuseppe ai lati in atteggiamento orante, l’ambone con le icone dei quattro evangelisti, l’altare marmoreo, il ciborio nella cappella del Santissimo Sacramento, e diverse icone realizzate dall'iconografo sipontino Matteo Mangano. Da non dimenticare le vetrate istoriate che rappresentano il ciclo cristologico e al centro un trittico raffigurante l’ospitalità di Abramo.